pondok pesantren Al-arifin yang berada di JL.KH.BISHRI SYANSURI No.89 desa Denanyar Kecamatan Jombang Kabupaten Jombang didirikan oleh KH Ahmad Zinal Arifin Khan dalam rangka memenuhi kainginan beberapa teman dekat dan sanak sudara beliau yang bermaksud menitipkan anaknya untuk belajar ilmu agama kepada beliau juga dapat sekolah baik di lingkungan pondok maupin di luar pondok.Maka bersamaan dengan pertama kali beliau sekeluarga menempati rumg baru (1978) dibangunlah sebuah kamar dibelakang rumah (kamar Al Jauharoh bagian belakang depan)untuk menampung santri yang telah dititipkan dan beberapa santri yang berkhitman kepada beliau.
sejak sepeninggal KH.Bishri Syansuri (1980) berselang kurang lebuh dua tahun,santri bermukim semakin bertambah,sehingga mendorong beliau untuk manambah kamar santri putra di depan rumah (kamar As Shiddiq,As Syakur,Al Mhmud,dn At Toyyib)sekaligus mmperluas kamar Al Jauhar bagian belakang.Di rumah itulah kemuadian beliau membuka pengajian sistem wethonan yang diikuti oleh sebagian santri putra-putri pondok pesantren Mamba'ul Ma'rif dan masyarakat di pondok sekitar pondok,sehingga pengajian lainnya diadakan bersamaan dengan pengajian beliau ralatif sepi.Hal itu dapat dimaklumi sebab waktu itu beliau ermasuk guru pengjar favorit dilingkungan pondok.
pada tanggal 01 November 1986 pondok ini baru diresmikan berdirinya oleh beliau dengan nama "Asrama Pelajar Islam Al-arifin"disingkat API AL-ARIFIN.Nama yang diambl dari motto lambang API AL-ARIFIN,yakni: اللهم افتح قلو بنا فتح العا رفين dengan harapan semoga ilmu para santri menjadi seorang muslim-muslimah yang berilmu pengetahuan dan ma'rifat kepada Allah SWT.
kemudian pada tahun 1990 beliau membangun kamar dua lantai di sebelah timur rumah beliau untuk santri putra (kamar al-khalil dan Abu Hasan)Dan disusul pembangunan asrama putri empat lantaibibelakang rumah beliau sebelah barat pada tahun 1993,yang kemudian resmi ditempati pada tahun 1994.
semua biaya pembangunan pondok adalah murni dari uang beliau pribadi beliau tanpa meminta sumbangn dari wali santri.Hal ini memang sudah menjadi watak beliau yang tidak berkenan meminta-minta sumbangna baik kepada pemerintah,instansi-instansi,termasuk para wali santrin.adapun status pondok ini murni milik beliau,bukan wakaf.
mengingant semakin pesatnya pertambahan jumlah santri putra-putri dan semakin sempurnaya sistem pendidikan dengan lokasi pengajian yang cukup memadai serta atas permintaan dan dorongan para santri,maka pada tanggal 01 November 1997 nama "Asrma pelajar Islam AL-ARIFIN"resmi diganti oleh beliau dengan nama "PONDOK PESANTRAN AL-ARIFIN".
